Zespół Finansowo-Księgowy zajmuje się prowadzeniem księgowości biura. Pracownicy zespołu dbają o terminowe dokonywanie płatności z tytułu poniesionych wydatków, jak i zobowiązań stałych.
W zespole dokonywana jest wstępna kontrola zgodności operacji gospodarczych i finansowych z planem kont, oraz sprawdzana jest kompletność i rzetelność dokumentów przedkładanych do akceptacji kierownikowi jednostki.Pracownicy sporządzają liczne sprawozdania miesięczne, kwartalne i roczne z realizacji budżetu, a także sprawozdania dotyczące projektów współfinansowanych ze środków UE.